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１．Flashの多用は避ける
２．イメージマップは多用しない
３．サイトマップを作成する
４．トップページのファイルサイズ
５．JavascriptやCSSの注意点
６．フレームを出来る限り利用しない

高速回線の普及によって、Flashを使ったインパクトのあるページを見る機会が多くなってきました。
ユーザーにとって大きな印象を与えるFlashですが、検索エンジンに対しては、マイナスの要素があります。ワンポイントでFlashを利用することは、検索エンジンの観点からは全く問題がありません。
ただ、ページ全体、他のページに対するリンクをFlashで作成すると、
検索エンジンがクロールできなくなる可能性があります。

例えば、トップページをFlashで作成して、テキストリンクを全くつけない場合、
検索エンジンが２階層以降をクロール出来なくなる可能性があるのです。

解決策としては、例えリンクをFlashで作成しても、フッター等を利用して、
検索エンジンが確実にクロール出来る仕組みを作っておくことです。
このようにすれば、Flashを利用しても、確実にウェブサイトを検索エンジンにインデックスさせる事が出来ます。現在は検索エンジンのアルゴリズムも発達してきており、
Flashを理解する検索エンジンも登場しています。

イメージマップとはgifやjpeg等を座標で区切ってリンクをつけたものです。
一般的に地図等で使われることが多くあります。
イメージマップも検索エンジンによっては認識されにくいケースがあります。
検索エンジン最適化において、クローラー(検索ロボット)がどれだけリンクを辿れるかが重要になります。トップページ等でイメージマップを利用すると、場合によって、検索エンジンがリンク先を読めなくなり、正確にインデックス出来ない事があるようです。
現状ではイメージマップを認識する検索エンジンも増えてきましたが、
イメージマップを利用する際に検索エンジンの妨げにならないかを考える必要があります。

サイトマップを作成することは検索エンジンにおいて非常に効果的です。
サイトマップには一般的にサイト内のすべてのページへのリンクが書き込まれます。
何故サイトマップが検索エンジンに対して効果的かというと、クローラー(検索ロボット)がサイトマップを訪れたときにすべてのページをサイトマップで見つけることが出来るからです。サイトマップのように、サイト内のすべてのページをまとめてインデックス出来るようなページを作っておくことは、非常に効果的です。

検索エンジンは比較的ファイルサイズの小さいトップページを好む傾向があります。
ユーザーにとってもファイルサイズの小さいページは読み込みも速く、快適なナビゲーションが出来ます。特にGoogleでは50k以上のhtml(イメージを抜かしたhtmlのみのサイズ)は、読まれにくい傾向があるようです。

JavascriptやCSSの利用は使い方によっては全く問題はありません。
特にCSSは、使い方によって論理タグの大きさ等を調整することも出来るので、有効に活用してください。Javscriptで問題になる場合は、テキストリンクをJavascriptで生成している場合です。
この場合、一般の検索エンジンはJavascriptを認識できず、リンクがクロールされない場合があります。Javascriptの容量が大きくなる場合には、Javascriptを.jsファイルで外だしすることをお勧めします。